Pielisen-Karjalan kalatalousalue sijaitsee Pohjois-Karjalassa Joensuun, Juuan, Lieksan, Kuhmon ja Nurmeksen kuntien alueella. Kalatalousalue rajoittuu Idässä valtakunnanrajaan ja yhteistä rajaa on Koitereen, Oriveden, Höytiäisen, Vaikkojoki-Juojärven, Valtimon, Nilsiän reitin, Kuhmon ja Sotkamon kalatalousalueiden kanssa.

Pielisen-Karjalan kalatalousalue kuuluu Vuoksen vesistöalueeseen. Tärkeimpiä vesistöjä ovat Pielinen, Lieksanjoki, Rukavesi, Viekinjärvi, Lautiaisjärvi, Kuokkastenjärvi ja Jonkerijärvi Kuhmon alueelta. Pielisen-Karjalan kalatalousalueen vesistöjen kokonaispinta-ala on noin 122 595 hehtaaria, josta Pielisen osuus on 89 400 hehtaaria. Merkittävimpiä Pieliseen laskevia jokia ovat Lieksanjoki, Herajoki, Juuanjoki, Saramonjoki ja Valtimonjoki.